(一)申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理机构提交申请材料并按规定采集指纹信息;
(二)受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具受理回执;对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容;对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
(三)审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定。批准的，签发证件;不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
(四)申请人领取证件。
办理条件：
大陆居民同时申请往来台湾通行证和签注，或者持有效往来台湾通行证单独申请签注的，依据不同事由须具备相应条件：
(一)团队旅游：参加国家旅游局指定的有经营赴台游业务资质的旅行社组织的赴台湾团队旅游。
(二)个人旅游：开放赴台湾个人旅游城市的常住户口居民，或者符合国家移民管理局规定条件的非常住户口居民，申请赴台湾个人旅游。
(三)探亲：探望在台湾定居、长期居住、就业、就学的亲属;尚未取得台湾居民身份的大陆配偶赴台团聚、居留。
(四)定居：经台湾主管部门批准取得在台定居资格的大陆居民，申请赴台湾定居。
(五)应邀：经台办批准前往台湾从事科技、文化、体育、学术等交流活动，或者参加两岸事务性商谈、采访。
(六)商务：经台办批准前往台湾进行考察、会议、谈判、履约、培训等商务活动，参加或参观展览等经贸交流活动。
(七)学习：在教育部批准开放大陆学生赴台学习的省份参加本年度普通高校招生全国统一考试的高中毕业生，或在上述开放赴台就学省份且毕业于台湾主管部门承认学历的大陆高校的应届本科或硕士毕业生。
(八)乘务：执行海峡两岸航运任务。
(九)其他：前往台湾就医、访友、处理财产、奔丧、诉讼、从事渔业劳务等事务。
办理材料：
同时申请往来台湾通行证和签注的，无需重复提交相关材料。
1、符合要求的申请表;
2、有效往来台湾通行证(同时申请往来台湾通行证和签注的除外);
3、与申请事由相关的证明材料;
4、在非常住户口所在地申请前往台湾签注的，还须按照国家移民管理局有关规定，提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明材料，但按规定向指定受理机构申请的情形除外;
5、登记备案的国家工作人员、军人，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照干部管理权限出具的同意其办理出入境证件的函件，但持“赴台批件”申请赴台的除外;
6、委托他人代为申请的，委托人应出具委托书，被委托人须交验本人居民身份证等身份证明原件;由单位代办的，应当提交单位公函，交验代办人居民身份证等身份证明原件。
上述与申请事由相关的证明材料是指：
(1)赴台个人旅游、团队旅游的，免交与申请事由相应的证明材料;大陆居民赴台旅游组团社领队申请赴台团队旅游多次签注的，应当提交所在组团社出具的公函，交验赴台旅游领队证原件。
(2)赴台探亲的，交验相应事由的入台许可证明原件。
(3)赴台定居的，交验相应事由的入台许可证明原件。大陆居民自行取得台湾居民身份后返回注销大陆户籍并申请赴台湾证件的，须交验台湾地区居民身份证原件和台湾地区户籍誊本。大陆居民与台湾居民在大陆所生子女申请赴台湾定居，在大陆未办理户籍登记的，还须交验本人《出生医学证明》，父母双方中作为大陆居民一方的居民身份证。
(4)应邀赴台的，提交国务院台办或经授权的省、自治区、直辖市台办“赴台批件”原件，或经受理地省、自治区、直辖市台办盖章确认的复印件。
(5)赴台进行商务活动的，提交国务院台办或经授权的省、自治区、直辖市台办的“赴台立项批复”原件，或经受理地省、自治区、直辖市台办确认的复印件。
(6)赴台学习的，提交开放赴台就学省份的设区市以上台办出具的赴台学习证明。
(7)执行两岸直航航运任务的，提交国务院台办或经授权的省、自治区、直辖市台办的 “赴台批件”原件，或经省、自治区、直辖市台办确认的复印件。
(8)赴台从事近海渔船船员劳务作业的，提交对台近海渔船船员劳务合作企业出具的函件原件。
(9)赴台就医、奔丧、处理财产、诉讼等私人事务的，交验相应事由的入台许可证明原件。
办结时限：
(一)公安出入境管理机构受理往来台湾通行证申请后，符合签发条件的应当在7个工作日内予以签发;单独受理前往台湾签注申请后，应当在7个工作日内予以签发。因所在地区交通不便等特殊情况，不能按期签发的，经省级公安机关出入境管理机构批准，签发时间可延长至20个工作日。
(二)按照国家移民管理局有关规定，大陆居民在非常住户口所在地申请往来台湾通行证、前往台湾签注的，公安机关出入境管理机构应当在20日内予以签发。
(三)大陆居民因奔丧、治疗紧急重症、探望危重病人、处理境外突发事件、出境参加紧急会议和谈判、签订合同及出国留学报到时间临近、行前证件遗失损毁或省级公安机关出入境管理机构认可的其他紧急事由急需申请往来台湾通行证和签注的，公安机关出入境管理机构应当按照急事急办原则，优先审批办理。
收费标准：
1、电子往来台湾通行证80元/张;
一次有效往来台湾通行证15元/本。
2、一次签注：15元/件;多次签注80元/件。
